在运行方面，布袋除尘器的启动和停机是俩个很重要的环节。有许多除尘器滤袋过早破损的根源就是起动和停机的方法不对。新装的或已长时间停止运行的袋式除尘器在启动时滤料会处在酸露点一下，从而会受到冷凝物的危害，容易形成堵塞。因此，采取措施尽可能的保护滤料，知道达到稳定的运行温度是很重要的。
袋式除尘器停机时，如果停机时间短，不应为滤袋清灰，并注意除尘器保温。如果停机时间长，应当为所有滤袋清灰，要利用引风机和鼓风机把袋式除尘器内残留的酸性气体清理。
在袋式除尘器运行期间应经常检查除尘器的压差，因为系统压差是袋式除尘器总性能的佳标志，而各个分室的压差则是相应的滤袋状况的佳标志。压力降如果突然增大或减少就可能意味这滤袋堵塞，滤袋有漏洞，阀门不工作，清灰系统不正常或灰斗过满。这时就必需立即处理，各类该分室并解决问题，以放滤袋破损。
为保持袋式除尘器长期良好的运行，做好日常维护工作是很重要的。因此，应对压差、脉冲阀、输灰系统、灰斗振动器和阀门的运行情况，阀门控制器、电磁阀、限位开关、风机、马达和仪表的运行是否良好等做定期检查。到时间从每个分室随机抽取1或2条滤袋进行实验室分析，以便预测滤袋寿命并考虑要不要正好在它需要更换以前就更换。
此外，还应注意检查是否有粉尘堆积在花板的洁净侧、滤袋状况、灰斗中灰的积蓄、灰斗加热器的性能、提升阀的密封等情况。
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